Кажется, у меня получилось её решить с помощью гайда из этого видеоролика: https://www.youtube.com/watch?v=ulzjOszqZOM . Если вкратце, то нужно скачать:
1) https://gist.github.com/aers/953a50c61b3028bce7e5376e8590abed
2) https://www.nexusmods.com/skyrimspecialedition/mods/28046?tab=description
и кинуть их в папку Skyrim The Last Dark\_Program\SSEEdit\Edit Scripts. Потом через Mod Organizer запустить xTESEDIT64 и там по инструкции из видео преобразовать файлы, которые много референсов имеют, из esp в esm. У меня из 900к стало где-то 450к и ошибка исчезла.