Собственно, решение нашлось сразу, но из-за того, что я затупил - реализовалось оно не сразу.
Если после добавления нового жилища/города или любого другого мода, добавляющего метку на карту, переместите плагин мода (в окошке справа в MO) выше плагинов карты (об этом говорится на официальном сайте сборке).
Например, я для убедительности поднял новый мод сразу над плагином Eli_Ruska.esp.
После этого и мод работает и карта отображается.
С большой вероятностью - это у вас сломалось после добавления нового дома/поселения/города/пещеры или чего-либо еще с добавлением маркера на карту. У меня такая же проблема, добавляю новый замок - серая карта, убираю мод - всё работает исправно (примечательно то, что новый мод на на прически работает исправно). Пытаюсь это как-то решить, но пока не выходит.
Если получится решить, отпишусь сюда